source: anuga_validation/okushiri_2005/create_okushiri_original.py @ 3913

Last change on this file since 3913 was 3913, checked in by ole, 17 years ago

Got similar number of triangles as Aug 2005 okushiri validation

File size: 5.9 KB
Line 
1"""Create mesh and time boundary for the Okushiri island validation
2"""
3
4from Numeric import array, zeros, Float, allclose
5
6from anuga.pmesh.mesh import *
7from anuga.coordinate_transforms.geo_reference import Geo_reference
8
9import project
10
11
12def prepare_timeboundary(filename):
13    """Converting benchmark 2 time series to NetCDF tms file.
14    This is a 'throw-away' code taylor made for files like
15    'Benchmark_2_input.txt' from the LWRU2 benchmark
16    """
17
18    textversion = filename[:-4] + '.txt'
19
20    print 'Preparing time boundary from %s' %textversion
21    from Numeric import array
22
23    fid = open(textversion)
24
25    #Skip first line
26    line = fid.readline()
27
28    #Read remaining lines
29    lines = fid.readlines()
30    fid.close()
31
32
33    N = len(lines)
34    T = zeros(N, Float)  #Time
35    Q = zeros(N, Float)  #Values
36
37    for i, line in enumerate(lines):
38        fields = line.split()
39
40        T[i] = float(fields[0])
41        Q[i] = float(fields[1])
42
43
44    #Create tms file
45    from Scientific.IO.NetCDF import NetCDFFile
46
47    print 'Writing to', filename
48    fid = NetCDFFile(filename, 'w')
49
50    fid.institution = 'Geoscience Australia'
51    fid.description = 'Input wave for Benchmark 2'
52    fid.starttime = 0.0
53    fid.createDimension('number_of_timesteps', len(T))
54    fid.createVariable('time', Float, ('number_of_timesteps',))
55    fid.variables['time'][:] = T
56
57    fid.createVariable('stage', Float, ('number_of_timesteps',))
58    fid.variables['stage'][:] = Q[:]
59
60    fid.createVariable('xmomentum', Float, ('number_of_timesteps',))
61    fid.variables['xmomentum'][:] = 0.0
62
63    fid.createVariable('ymomentum', Float, ('number_of_timesteps',))
64    fid.variables['ymomentum'][:] = 0.0
65
66    fid.close()
67
68
69#-------------------------------------------------------------
70if __name__ == "__main__":
71
72
73    #Preparing points
74    #(Only when using original Benchmark_2_Bathymetry.txt file)
75    # FIXME: Replace by using geospatial data
76    #
77    #from anuga.abstract_2d_finite_volumes.data_manager import xya2pts
78    #xya2pts(project.bathymetry_filename, verbose = True,
79    #        z_func = lambda z: -z)
80
81
82    # Prepare time boundary
83    prepare_timeboundary(project.boundary_filename)
84
85
86    # Create Mesh
87
88    #Basic geometry
89   
90    xleft   = 0
91    xright  = 5.448
92    ybottom = 0
93    ytop    = 3.402
94
95    #Outline
96    point_sw = [xleft, ybottom]
97    point_se = [xright, ybottom]
98    point_nw = [xleft, ytop]   
99    point_ne = [xright, ytop]
100
101    #Midway points (left)
102    point_mtop = [xleft + (xright-xleft)/3+1, ytop]
103    point_mbottom = [xleft + (xright-xleft)/3+1, ybottom]
104
105
106    geo = Geo_reference(xllcorner = xleft,
107                        yllcorner = ybottom)
108   
109                       
110    print "***********************"
111    print "geo ref", geo
112    print "***********************"
113   
114    m = Mesh(geo_reference=geo)
115
116    #Boundary
117    dict = {}
118    dict['points'] = [point_se,   #se
119                      point_ne,
120                      point_mtop,
121                      point_nw,
122                      point_sw,
123                      point_mbottom]
124
125   
126    dict['segments'] = [[0,1], [1,2], [2,3], [3,4],
127                        [4,5], [5,0],  #The outer border
128                        [2,5]]         #Separator
129   
130    dict['segment_tags'] = ['wall',
131                            'wall',
132                            'wall',
133                            'wave',
134                            'wall',
135                            'wall',
136                            '']           #Interior
137
138       
139    m.addVertsSegs(dict)
140
141
142
143
144
145    #Localised refined area for gulleys
146    dict = {}
147    xl = 4.8
148    xr = 5.3
149    yb = 1.6
150    yt = 2.3
151    p0 = [xl, yb]
152    p1 = [xr, yb]
153    p2 = [xr, yt]
154    p3 = [xl, yt]
155   
156    dict['points'] = [p0, p1, p2, p3]
157    dict['segments'] = [[0,1], [1,2], [2,3], [3,0]]
158    dict['segment_tags'] = ['', '', '', '']
159    m.addVertsSegs(dict)   
160
161    #Island area
162    island_0 = [xleft + 2*(xright-xleft)/3+1.2, ytop-0.5]
163    island_1 = [xleft + 2*(xright-xleft)/3+0.5, ybottom + 2*(ytop-ybottom)/3]
164    island_2 = [xleft + (xright-xleft)/2+0.3, ybottom + 2*(ytop-ybottom)/3-0.3]
165    island_3 = [xleft + (xright-xleft)/2+0.3, ybottom + (ytop-ybottom)/3+0.3]
166    island_4 = [xleft + 2*(xright-xleft)/3+0.4, ybottom + (ytop-ybottom)/3-0.3] 
167    island_5 = [xleft + 2*(xright-xleft)/3+1.2, ybottom+0.2]
168    island_6 = [xl-.01, yb]  #OK
169    island_7 = [xl-.01, yt]  #OK     
170   
171
172    dict['points'] = [island_0, island_1, island_2,
173                      island_3, island_4, island_5,
174                      #p0, p3]                     
175                      island_6, island_7]
176
177                     
178    dict['segments'] = [[0,1], [1,2], [2,3], [3,4],
179                        [4,5], [5,6], [6,7], [7,0]]
180                       
181    dict['segment_tags'] = ['', '', '', '', '', '', '', '']
182
183
184    m.addVertsSegs(dict)   
185
186   
187#
188   
189    base_resolution = 1
190
191    ocean = m.addRegionEN(xleft+.1, ybottom+.1)
192    ocean.setMaxArea(0.1*base_resolution)
193
194    mid = m.addRegionEN(point_mbottom[0]+.1, ybottom+.1)
195    mid.setMaxArea(0.0005*base_resolution)
196 
197
198    #inner = m.addRegionEN(island_3[0]+.1, island_3[1]+.1)
199    #inner.setMaxArea(0.00007*base_resolution)
200
201    inner = m.addRegionEN(island_3[0]+.1, island_3[1]+.1)
202    inner.setMaxArea(0.0003*base_resolution)   
203
204
205    gulleys = m.addRegionEN(p0[0]+0.1, p0[1]+0.1)
206    gulleys.setMaxArea(0.00003*base_resolution)
207
208
209    # From r 1709 11 August 2005
210    #base_resolution = 100
211    #
212    #ocean = m.addRegionEN(xleft+.1, ybottom+.1)
213    #ocean.setMaxArea(0.01*base_resolution)
214    #
215    #mid = m.addRegionEN(point_mbottom[0]+.1, ybottom+.1)
216    #mid.setMaxArea(0.001*base_resolution)
217
218    #inner = m.addRegionEN(island_3[0]+.1, island_3[1]+.1)
219    #inner.setMaxArea(0.0001*base_resolution)
220
221
222    #gulleys = m.addRegionEN(p0[0]+0.1, p0[1]+0.1)
223    #gulleys.setMaxArea(0.00001*base_resolution)       
224   
225   
226    m.generateMesh('pzq28.0za1000000a')
227
228    import project
229    m.export_mesh_file(project.mesh_filename)
230   
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.