Changeset 3956


Ignore:
Timestamp:
Nov 9, 2006, 12:51:08 PM (16 years ago)
Author:
ole
Message:

More cleanup and refactoring. Also adhered to style guide for comparisons to
singletons such as None.

Location:
anuga_core/source/anuga/abstract_2d_finite_volumes
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • anuga_core/source/anuga/abstract_2d_finite_volumes/general_mesh.py

    r3954 r3956  
    273273        Default is False as many parts of ANUGA expects relative coordinates.
    274274        """
    275 
    276 
    277        
    278         V = self.vertex_coordinates #[:3*M,:]
     275       
     276        V = self.vertex_coordinates
    279277        if absolute is True:
    280278            if not self.geo_reference.is_absolute():
  • anuga_core/source/anuga/abstract_2d_finite_volumes/quantity.py

    r3954 r3956  
    1616
    1717from Numeric import array, zeros, Float, less, concatenate, NewAxis,\
    18      argmax, allclose
     18     argmax, allclose, take, reshape
    1919from anuga.utilities.numerical_tools import ensure_numeric, is_scalar
    2020
     
    169169                   quantity = None,   # Another quantity
    170170                   function = None,   # Callable object: f(x,y)
    171                    geospatial_data = None, #Arbitrary dataset
     171                   geospatial_data = None, # Arbitrary dataset
    172172                   points = None, values = None, data_georef = None, #Input
    173173                   # for fit (obsoleted by use of geo_spatial object)
     
    207207          values corresponding to
    208208          each data point must be present.
     209          (Obsoleted by geospatial_data)         
    209210
    210211        values:
    211212          If points is specified, values is an array of length N containing
    212213          attribute values for each point.
     214          (Obsoleted by geospatial_data)         
    213215
    214216        data_georef:
    215217          If points is specified, geo_reference applies to each point.
     218          (Obsoleted by geospatial_data)         
    216219
    217220        filename:
     
    355358                                      use_cache = use_cache)
    356359        else:
    357             raise 'This can\'t happen :-)'
    358 
    359 
    360         #Update all locations in triangles
     360            raise Exception, 'This can\'t happen :-)'
     361
     362
     363
     364        # Update all locations in triangles
    361365        if location == 'vertices' or location == 'unique vertices':
    362             #Intialise centroid and edge_values
     366            # Intialise centroid and edge_values
    363367            self.interpolate()
    364368
    365369        if location == 'centroids':
    366             #Extrapolate 1st order - to capture notion of area being specified
     370            # Extrapolate 1st order - to capture notion of area being specified
    367371            self.extrapolate_first_order()
    368372
     
    377381
    378382        if location == 'centroids':
    379             if (indices ==  None):
     383            if indices is None:
    380384                self.centroid_values[:] = X
    381385            else:
    382386                #Brute force
    383387                for i in indices:
    384                     self.centroid_values[i,:] = X
     388                    self.centroid_values[i] = X
    385389
    386390        elif location == 'edges':
    387             if (indices ==  None):
     391            if indices is None:
    388392                self.edge_values[:] = X
    389393            else:
    390394                #Brute force
    391395                for i in indices:
    392                     self.edge_values[i,:] = X
     396                    self.edge_values[i] = X
    393397
    394398        elif location == 'unique vertices':
    395             if (indices ==  None):
     399            if indices is None:
    396400                self.edge_values[:] = X
    397401            else:
     
    412416                    self.interpolate()
    413417        else:
    414             if (indices ==  None):
     418            if indices is None:
    415419                self.vertex_values[:] = X
    416420            else:
    417421                #Brute force
    418422                for i_vertex in indices:
    419                     self.vertex_values[i_vertex,:] = X
    420 
    421 
     423                    self.vertex_values[i_vertex] = X
    422424
    423425
     
    425427
    426428    def set_values_from_array(self, values,
    427                               location, indices, verbose):
     429                              location='vertices',
     430                              indices=None,
     431                              verbose=False):
    428432        """Set values for quantity
    429433
     
    480484
    481485        elif location == 'edges':
     486            # FIXME (Ole): No mention of indices here. However, I don't
     487            # think we ever need to set values at edges anyway
    482488            assert len(values.shape) == 2, 'Values array must be 2d'
    483489
     
    495501
    496502            self.set_vertex_values(values.flat, indices=indices)
     503           
    497504        else:
     505            # Location vertices
    498506            if len(values.shape) == 1:
    499507                self.set_vertex_values(values, indices=indices)
     
    505513                assert values.shape[1] == 3, msg
    506514
    507                 if indices == None:
     515                if indices is None:
    508516                    self.vertex_values = values
    509517                else:
     
    513521                msg = 'Values array must be 1d or 2d'
    514522                raise msg
     523           
    515524
    516525    def set_values_from_quantity(self, q,
     
    518527        """Set quantity values from specified quantity instance q
    519528
    520         Location is ignored
     529        Location is ignored - vertices will always be used here.
    521530        """
    522531
     
    536545
    537546    def set_values_from_function(self, f,
    538                                  location, indices, verbose):
     547                                 location='vertices',
     548                                 indices=None,
     549                                 verbose=False):
    539550        """Set values for quantity using specified function
    540551
     552        Input
     553       
    541554        f: x, y -> z Function where x, y and z are arrays
    542555        location: Where values are to be stored.
     
    544557                  unique vertices
    545558                  Default is "vertices"
     559        indices: 
     560
     561                 
    546562        """
    547563
     
    551567        #FIXME: Should supply absolute coordinates
    552568
    553         from Numeric import take
    554 
    555         if (indices is None):
    556             indices = range(len(self))
    557             is_subset = False
    558         else:
    559             is_subset = True
    560 
    561 
    562         # FIXME (Ole): Now we can compute the arrays once and for all
    563         # for both centroids and vertices and the use set_values_from_array
    564 
     569
     570        # Compute the function values and call set_values again
    565571        if location == 'centroids':
    566             V = take(self.domain.centroid_coordinates, indices)
    567             if is_subset:
    568                 self.set_values(f(V[:,0], V[:,1]),
    569                                 location = location,
    570                                 indices = indices)
    571             else:
    572                 self.set_values(f(V[:,0], V[:,1]), location = location)
     572            if indices is None:
     573                indices = range(len(self))
     574               
     575            V = take(self.domain.get_centroid_coordinates(), indices)
     576            self.set_values(f(V[:,0], V[:,1]),
     577                            location=location,
     578                            indices=indices)
     579           
    573580        elif location == 'vertices':
     581
     582            M = self.domain.number_of_triangles
    574583            V = self.domain.get_vertex_coordinates()
    575584
     
    577586            values = f(x, y)
    578587
     588
     589            # FIXME (Ole): This code should replace all the
     590            # rest of this function and it would work, except
     591            # one unit test in test_region fails.
     592            # If that could be resolved this one will be
     593            # more robust and simple.
     594           
     595            #values = reshape(values, (M,3))
     596            #self.set_values(values,
     597            #                location='vertices',
     598            #                indices=indices)
     599
     600
     601            # This should be removed
    579602            if is_scalar(values):
    580603                # Function returned a constant value
     
    582605                                              location, indices, verbose)
    583606                return
    584                
    585            
    586             if is_subset:
     607
     608            # This should be removed           
     609            if indices is None:
     610                for j in range(3):
     611                    self.vertex_values[:,j] = values[j::3]                 
     612            else:   
    587613                #Brute force
    588614                for i in indices:
    589615                    for j in range(3):
    590616                        self.vertex_values[i,j] = values[3*i+j]
    591             else:
    592                 for j in range(3):
    593                     self.vertex_values[:,j] = values[j::3]
     617
     618
    594619        else:
    595620            raise 'Not implemented: %s' %location
     
    973998        assert len(A.shape) == 1
    974999
    975         if indices == None:
     1000        if indices is None:
    9761001            assert A.shape[0] == self.domain.get_nodes().shape[0]
    9771002            vertex_list = range(A.shape[0])
  • anuga_core/source/anuga/abstract_2d_finite_volumes/test_quantity.py

    r3945 r3956  
    13481348        quantity = Quantity(domain,[[1,1,1],[2,2,2],[3,3,3],
    13491349                                    [4,4,4],[5,5,5],[6,6,6]])
     1350
     1351
     1352        # Check that constants work
     1353        value = 7
     1354        indices = [1]
     1355        quantity.set_values(value,
     1356                            location = 'centroids',
     1357                            indices = indices)
     1358        #print "quantity.centroid_values",quantity.centroid_values
     1359        assert allclose(quantity.centroid_values, [1,7,3,4,5,6])
     1360       
    13501361        value = [7]
    13511362        indices = [1]
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.