Changeset 5518


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Jul 17, 2008, 8:32:37 PM (11 years ago)
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ole
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  • anuga_core/source/anuga/abstract_2d_finite_volumes/quantity.py

    r5394 r5518  
    261261    # New leaner interface to setting values
    262262    def set_values(self,
    263                    numeric = None,    # List, numeric array or constant
    264                    quantity = None,   # Another quantity
    265                    function = None,   # Callable object: f(x,y)
    266                    geospatial_data = None, # Arbitrary dataset
    267                    points = None, values = None, data_georef = None, # Obsoleted by use of geo_spatial object
    268                    filename = None, attribute_name = None, #Input from file
    269                    alpha = None,
    270                    location = 'vertices',
    271                    polygon = None,
    272                    indices = None,
    273                    smooth = False,
    274                    verbose = False,
    275                    use_cache = False):
     263                   numeric=None,    # List, numeric array or constant
     264                   quantity=None,   # Another quantity
     265                   function=None,   # Callable object: f(x,y)
     266                   geospatial_data=None, # Arbitrary dataset
     267                   points=None, values=None, data_georef=None, # Obsoleted by use of geo_spatial object
     268                   filename=None, attribute_name=None, #Input from file
     269                   alpha=None,
     270                   location='vertices',
     271                   polygon=None,
     272                   indices=None,
     273                   smooth=False,
     274                   verbose=False,
     275                   use_cache=False):
    276276
    277277        """Set values for quantity based on different sources.
     
    343343                  internal ordering.
    344344
    345                   If location is not 'unique vertices' Indices is the
    346                   set of element ids that the operation applies to.
    347                   If location is 'unique vertices' Indices is the set
    348                   of vertex ids that the operation applies to.
     345                  If location is 'unique vertices' indices refers the set
     346                  of node ids that the operation applies to.
     347                  If location is not 'unique vertices' indices refers the
     348                  set of triangle ids that the operation applies to.
     349
    349350
    350351                  If selected location is vertices, values for
     
    363364        indices: Restrict update of quantity to locations that are
    364365                 identified by indices (e.g. node ids if location
    365                  is 'vertices')       
     366                 is 'unique vertices' or triangle ids otherwise).
    366367       
    367368        verbose: True means that output to stdout is generated
     
    387388        # FIXME (Ole): This needs to be generalised and
    388389        # perhaps the notion of location and indices simplified
     390
     391        # FIXME (Ole): Need to compute indices based on polygon (and location) and
     392        # use existing code after that.
    389393       
    390394        if polygon is not None:
     
    473477                                                     alpha,
    474478                                                     location, indices,
    475                                                      verbose = verbose,
    476                                                      use_cache = use_cache)
     479                                                     verbose=verbose,
     480                                                     use_cache=use_cache)
    477481            else:
    478482                msg = 'Illegal type for argument numeric: %s' %str(numeric)
     
    491495                                                     alpha,
    492496                                                     location, indices,
    493                                                      verbose = verbose,
    494                                                      use_cache = use_cache)
     497                                                     verbose=verbose,
     498                                                     use_cache=use_cache)
    495499        elif points is not None:
    496500            msg = 'The usage of points in set_values has been deprecated.' +\
     
    507511            self.set_values_from_file(filename, attribute_name, alpha,
    508512                                      location, indices,
    509                                       verbose = verbose,
     513                                      verbose=verbose,
    510514                                      max_read_lines=max_read_lines,
    511                                       use_cache = use_cache)
     515                                      use_cache=use_cache)
    512516        else:
    513517            raise Exception, 'This can\'t happen :-)'
     
    541545                self.centroid_values[:] = X
    542546            else:
    543                 #Brute force
     547                # Brute force
    544548                for i in indices:
    545549                    self.centroid_values[i] = X
     
    549553                self.edge_values[:] = X
    550554            else:
    551                 #Brute force
     555                # Brute force
    552556                for i in indices:
    553557                    self.edge_values[i] = X
     
    558562            else:
    559563
    560                 #Go through list of unique vertices
     564                # Go through list of unique vertices
    561565                for unique_vert_id in indices:
    562566
    563567                    triangles = self.domain.get_triangles_and_vertices_per_node(node=unique_vert_id)
    564568                   
    565                     #In case there are unused points
     569                    # In case there are unused points
    566570                    if len(triangles) == 0:
    567571                        continue
    568572                   
    569                     #Go through all triangle, vertex pairs
    570                     #and set corresponding vertex value
     573                    # Go through all triangle, vertex pairs
     574                    # and set corresponding vertex value
    571575                    for triangle_id, vertex_id in triangles:
    572576                        self.vertex_values[triangle_id, vertex_id] = X
    573577
    574                     #Intialise centroid and edge_values
     578                    # Intialise centroid and edge_values
    575579                    self.interpolate()
    576580        else:
     
    578582                self.vertex_values[:] = X
    579583            else:
    580                 #Brute force
     584                # Brute force
    581585                for i_vertex in indices:
    582586                    self.vertex_values[i_vertex] = X
     
    622626            indices = array(indices).astype(Int)
    623627            msg = 'Number of values must match number of indices:'
    624             msg += 'You specified %d values and %d indices'\
     628            msg += ' You specified %d values and %d indices'\
    625629                   %(values.shape[0], indices.shape[0])
    626630            assert values.shape[0] == indices.shape[0], msg
     
    669673
    670674            elif len(values.shape) == 2:
    671                 #Vertex values are given as a triplet for each triangle
     675                # Vertex values are given as a triplet for each triangle
    672676
    673677                msg = 'Array must be N x 3'
     
    723727        """
    724728
    725         #FIXME: Should check that function returns something sensible and
    726         #raise a meaningfull exception if it returns None for example
    727 
    728         #FIXME: Should supply absolute coordinates
     729        # FIXME: Should check that function returns something sensible and
     730        # raise a meaningfull exception if it returns None for example
     731
     732        # FIXME: Should supply absolute coordinates
    729733
    730734
     
    785789    def set_values_from_geospatial_data(self, geospatial_data, alpha,
    786790                                        location, indices,
    787                                         verbose = False,
    788                                         use_cache = False):
     791                                        verbose=False,
     792                                        use_cache=False):
    789793        # FIXME: Use this function for the time being. Later move code in here
    790794
    791         points = geospatial_data.get_data_points(absolute = False)
     795        points = geospatial_data.get_data_points(absolute=False)
    792796        values = geospatial_data.get_attributes()
    793797        data_georef = geospatial_data.get_geo_reference()
     
    810814
    811815
    812         #Take care of georeferencing
     816        # Take care of georeferencing
    813817        if data_georef is None:
    814818            data_georef = Geo_reference()
     
    819823
    820824        # Call fit_interpolate.fit function
    821         #args = (coordinates, triangles, points, values)
     825        # args = (coordinates, triangles, points, values)
    822826        args = (points, )
    823827        kwargs = {'vertex_coordinates': coordinates,
     
    841845    def set_values_from_points(self, points, values, alpha,
    842846                               location, indices,
    843                                data_georef = None,
    844                                verbose = False,
    845                                use_cache = False):
     847                               data_georef=None,
     848                               verbose=False,
     849                               use_cache=False):
    846850        """
    847851        Set quantity values from arbitray data points using
     
    854858    def set_values_from_file(self, filename, attribute_name, alpha,
    855859                             location, indices,
    856                              verbose = False,
    857                              use_cache = False,
     860                             verbose=False,
     861                             use_cache=False,
    858862                             max_read_lines=None):
    859863        """Set quantity based on arbitrary points in a points file
     
    11401144                indices=range(self.domain.number_of_nodes)
    11411145            vert_values = []
    1142            
     1146
    11431147            # Go through list of unique vertices
    11441148            for unique_vert_id in indices:
     
    12131217        """
    12141218
    1215         A,V = self.get_vertex_values(xy=False, smooth = True)
     1219        A,V = self.get_vertex_values(xy=False, smooth=True)
    12161220        self.set_vertex_values(A)
    12171221
     
    14131417        # (either from this module or C-extension)
    14141418        extrapolate_second_order_and_limit_by_edge(self)
    1415 
    14161419
    14171420    def extrapolate_second_order_and_limit_by_vertex(self):
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.