Changeset 5915


Ignore:
Timestamp:
Nov 6, 2008, 5:04:54 PM (16 years ago)
Author:
rwilson
Message:

NumPy? conversion.

Location:
anuga_core/source_numpy_conversion/anuga/geospatial_data
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • anuga_core/source_numpy_conversion/anuga/geospatial_data/geospatial_data.py

    r5739 r5915  
    88from warnings import warn
    99from string import lower
    10 from Numeric import concatenate, array, Float, shape, reshape, ravel, take, \
    11                         size, shape
     10import numpy
     11import numpy.random
    1212#from Array import tolist
    13 from RandomArray import randint, seed, get_seed
    1413from copy import deepcopy
    1514
    16 #from MA import tolist
    1715
    1816from Scientific.IO.NetCDF import NetCDFFile   
     
    460458
    461459       
    462             new_points = concatenate((self.get_data_points(absolute=True),
     460            new_points = numpy.concatenate((self.get_data_points(absolute=True),
    463461                                      other.get_data_points(absolute=True)),
    464462                                      axis = 0)       
     
    481479                        attrib1 = self.attributes[x]
    482480                        attrib2 = other.attributes[x]
    483                         new_attributes[x] = concatenate((attrib1, attrib2))
     481                        new_attributes[x] = numpy.concatenate((attrib1, attrib2))
    484482
    485483                    else:
     
    641639        if attributes is not None:
    642640            for key, att in attributes.items():
    643                 sampled_attributes[key] = take(att, indices)
     641                sampled_attributes[key] = numpy.take(att, indices)
    644642
    645643#        print 'goodbye from get_sample'
     
    677675        if verbose: print "make unique random number list and get indices"
    678676
    679         total=array(range(self_size))
     677        total=numpy.array(range(self_size))
    680678        total_list = total.tolist()
    681679        if verbose: print "total list len",len(total_list)
     
    691689        # plus recalcule seed when no seed provided.
    692690        if seed_num != None:
    693             seed(seed_num,seed_num)
     691            numpy.random.seed(seed_num,seed_num)
    694692        else:
    695             seed()
    696         if verbose: print "seed:", get_seed()
     693            numpy.random.seed()
     694        if verbose: print "seed:", numpy.random.get_seed()
    697695       
    698696        #print 'size',self_size, new_size
    699         random_num = randint(0,self_size-1,(int(new_size),))
     697        random_num = numpy.randint(0,self_size-1,(int(new_size),))
    700698        #print 'random num',random_num
    701699        random_num = random_num.tolist()
     
    925923            raise ValueError, msg
    926924        lats_longs = ensure_numeric(data_points)
    927         latitudes = ravel(lats_longs[:,0:1])
    928         longitudes = ravel(lats_longs[:,1:])
     925        latitudes = numpy.ravel(lats_longs[:,0:1])
     926        longitudes = numpy.ravel(lats_longs[:,1:])
    929927       
    930928    if latitudes is None and longitudes is None:
     
    966964    fid = NetCDFFile(file_name, 'r')
    967965   
    968     pointlist = array(fid.variables['points'])
     966    pointlist = numpy.array(fid.variables['points'])
    969967    keys = fid.variables.keys()
    970968    if verbose: print 'Got %d variables: %s' %(len(keys), keys)
     
    980978        if verbose: print "reading attribute '%s'" %key
    981979           
    982         attributes[key] = array(fid.variables[key])
     980        attributes[key] = numpy.array(fid.variables[key])
    983981   
    984982   
     
    10861084       
    10871085   
    1088     pointlist = array(points).astype(Float)
     1086    pointlist = numpy.array(points).astype(numpy.float)
    10891087    for key in att_dict.keys():
    1090         att_dict[key] = array(att_dict[key]).astype(Float)
     1088        att_dict[key] = numpy.array(att_dict[key]).astype(numpy.float)
    10911089
    10921090    # Do stuff here so the info is in lat's and longs
     
    10971095       (y_header == 'lon' or  y_header == 'lat'):
    10981096        if x_header == 'lon':
    1099             longitudes = ravel(pointlist[:,0:1])
    1100             latitudes = ravel(pointlist[:,1:])
     1097            longitudes = numpy.ravel(pointlist[:,0:1])
     1098            latitudes = numpy.ravel(pointlist[:,1:])
    11011099        else:
    1102             latitudes = ravel(pointlist[:,0:1])
    1103             longitudes = ravel(pointlist[:,1:])
     1100            latitudes = numpy.ravel(pointlist[:,0:1])
     1101            longitudes = numpy.ravel(pointlist[:,1:])
    11041102       
    11051103        pointlist, geo_ref = _set_using_lat_long(latitudes,
     
    11401138    """
    11411139   
    1142     pointlist = array(fid.variables['points'][start_row:fin_row])
     1140    pointlist = numpy.array(fid.variables['points'][start_row:fin_row])
    11431141   
    11441142    attributes = {}
    11451143    for key in keys:
    1146         attributes[key] = array(fid.variables[key][start_row:fin_row])
     1144        attributes[key] = numpy.array(fid.variables[key][start_row:fin_row])
    11471145
    11481146    return pointlist, attributes
     
    11841182   
    11851183    # Variable definition
    1186     outfile.createVariable('points', Float, ('number_of_points',
     1184    outfile.createVariable('points', numpy.float, ('number_of_points',
    11871185                                             'number_of_dimensions'))
    11881186
     
    11921190    if write_attributes is not None:
    11931191        for key in write_attributes.keys():
    1194             outfile.createVariable(key, Float, ('number_of_points',))
     1192            outfile.createVariable(key, numpy.float, ('number_of_points',))
    11951193            outfile.variables[key][:] = write_attributes[key] #.astype(Float32)
    11961194       
     
    12581256   
    12591257def _point_atts2array(point_atts):
    1260     point_atts['pointlist'] = array(point_atts['pointlist']).astype(Float)
     1258    point_atts['pointlist'] = numpy.array(point_atts['pointlist']).astype(numpy.float)
    12611259   
    12621260    for key in point_atts['attributelist'].keys():
    12631261        point_atts['attributelist'][key]=\
    1264                 array(point_atts['attributelist'][key]).astype(Float)
     1262                numpy.array(point_atts['attributelist'][key]).astype(numpy.float)
    12651263    return point_atts
    12661264
     
    13501348        assert geo_reference == None, msg
    13511349    else:
    1352         points = ensure_numeric(points, Float)
     1350        points = ensure_numeric(points, numpy.float)
    13531351       
    13541352    # Sort of geo_reference and convert points
     
    13901388    else:
    13911389        # List or numeric array of absolute points
    1392         points = ensure_numeric(points, Float)
     1390        points = ensure_numeric(points, numpy.float)
    13931391
    13941392    # Sort out geo reference   
     
    14741472   
    14751473    from anuga.utilities.numerical_tools import cov
    1476     from Numeric import array, resize,shape,Float,zeros,take,argsort,argmin
     1474##    from numpy.oldnumeric import array, resize,shape,Float,zeros,take,argsort,argmin
    14771475    from anuga.utilities.polygon import is_inside_polygon
    14781476    from anuga.fit_interpolate.benchmark_least_squares import mem_usage
     
    15371535    #4 onwards is the elevation_predicted using the alpha, which will
    15381536    #be compared later against the real removed data
    1539     data=array([],typecode=Float)
    1540 
    1541     data=resize(data,(len(points),3+len(alphas)))
     1537    data=numpy.array([],typecode=numpy.float)
     1538
     1539    data=numpy.resize(data,(len(points),3+len(alphas)))
    15421540
    15431541    #gets relative point from sample
     
    15471545    data[:,2]=elevation_sample
    15481546
    1549     normal_cov=array(zeros([len(alphas),2]),typecode=Float)
     1547    normal_cov=numpy.array(numpy.zeros([len(alphas),2]),typecode=numpy.float)
    15501548
    15511549    if verbose: print 'Setup computational domains with different alphas'
     
    15871585
    15881586    normal_cov0=normal_cov[:,0]
    1589     normal_cov_new=take(normal_cov,argsort(normal_cov0))
     1587    normal_cov_new=numpy.take(normal_cov,numpy.argsort(normal_cov0))
    15901588
    15911589    if plot_name is not None:
     
    16011599        for i,alpha in enumerate(alphas):
    16021600            print'covariance for alpha %s = %s ' %(normal_cov[i][0],normal_cov[i][1])
    1603         print '\n Optimal alpha is: %s ' % normal_cov_new[(argmin(normal_cov_new,axis=0))[1],0]
     1601        print '\n Optimal alpha is: %s ' % normal_cov_new[(numpy.argmin(normal_cov_new,axis=0))[1],0]
    16041602
    16051603    # covariance and optimal alpha
    1606     return min(normal_cov_new[:,1]) , normal_cov_new[(argmin(normal_cov_new,axis=0))[1],0]
     1604    return min(normal_cov_new[:,1]) , normal_cov_new[(numpy.argmin(normal_cov_new,axis=0))[1],0]
    16071605
    16081606def old_find_optimal_smoothing_parameter(data_file,
     
    16661664   
    16671665    from anuga.utilities.numerical_tools import cov
    1668     from Numeric import array, resize,shape,Float,zeros,take,argsort,argmin
     1666##    from numpy.oldnumeric import array, resize,shape,Float,zeros,take,argsort,argmin
    16691667    from anuga.utilities.polygon import is_inside_polygon
    16701668    from anuga.fit_interpolate.benchmark_least_squares import mem_usage
     
    17591757    #4 onwards is the elevation_predicted using the alpha, which will
    17601758    #be compared later against the real removed data
    1761     data=array([],typecode=Float)
    1762 
    1763     data=resize(data,(len(points),3+len(alphas)))
     1759    data=numpy.array([],typecode=numpy.float)
     1760
     1761    data=numpy.resize(data,(len(points),3+len(alphas)))
    17641762
    17651763    #gets relative point from sample
     
    17691767    data[:,2]=elevation_sample
    17701768
    1771     normal_cov=array(zeros([len(alphas),2]),typecode=Float)
     1769    normal_cov=numpy.array(numpy.zeros([len(alphas),2]),typecode=numpy.float)
    17721770
    17731771    if verbose: print 'Determine difference between predicted results and actual data'
     
    17941792
    17951793    normal_cov0=normal_cov[:,0]
    1796     normal_cov_new=take(normal_cov,argsort(normal_cov0))
     1794    normal_cov_new=numpy.take(normal_cov,numpy.argsort(normal_cov0))
    17971795
    17981796    if plot_name is not None:
     
    18041802        remove(mesh_file)
    18051803   
    1806     return min(normal_cov_new[:,1]) , normal_cov_new[(argmin(normal_cov_new,axis=0))[1],0]
     1804    return min(normal_cov_new[:,1]) , normal_cov_new[(numpy.argmin(normal_cov_new,axis=0))[1],0]
    18071805
    18081806         
  • anuga_core/source_numpy_conversion/anuga/geospatial_data/test_geospatial_data.py

    r5730 r5915  
    44import unittest
    55import os
    6 from Numeric import zeros, array, allclose, concatenate,sort
     6import numpy
     7import numpy.random
    78from math import sqrt, pi
    89import tempfile
     
    3031        G = Geospatial_data(points)
    3132
    32         assert allclose(G.data_points, [[1.0, 2.1], [3.0, 5.3]])
     33        assert numpy.allclose(G.data_points, [[1.0, 2.1], [3.0, 5.3]])
    3334
    3435        # Check __repr__
     
    4142
    4243        #Check getter
    43         assert allclose(G.get_data_points(), [[1.0, 2.1], [3.0, 5.3]])
     44        assert numpy.allclose(G.get_data_points(), [[1.0, 2.1], [3.0, 5.3]])
    4445       
    4546        #Check defaults
     
    5657        G = Geospatial_data(points, attributes)       
    5758        assert G.attributes.keys()[0] == DEFAULT_ATTRIBUTE
    58         assert allclose(G.attributes.values()[0], [2, 4])
     59        assert numpy.allclose(G.attributes.values()[0], [2, 4])
    5960       
    6061
     
    8081
    8182        P = G.get_data_points(absolute=False)
    82         assert allclose(P, [[1.0, 2.1], [3.0, 5.3]])       
     83        assert numpy.allclose(P, [[1.0, 2.1], [3.0, 5.3]])       
    8384
    8485        P = G.get_data_points(absolute=True)
    85         assert allclose(P, [[101.0, 202.1], [103.0, 205.3]])       
     86        assert numpy.allclose(P, [[101.0, 202.1], [103.0, 205.3]])       
    8687
    8788        V = G.get_attributes() #Simply get them
    88         assert allclose(V, [2, 4])
     89        assert numpy.allclose(V, [2, 4])
    8990
    9091        V = G.get_attributes(DEFAULT_ATTRIBUTE) #Get by name
    91         assert allclose(V, [2, 4])
     92        assert numpy.allclose(V, [2, 4])
    9293
    9394    def test_get_attributes_2(self):
     
    104105
    105106        P = G.get_data_points(absolute=False)
    106         assert allclose(P, [[1.0, 2.1], [3.0, 5.3]])       
     107        assert numpy.allclose(P, [[1.0, 2.1], [3.0, 5.3]])       
    107108       
    108109        V = G.get_attributes() #Get default attribute
    109         assert allclose(V, [2, 4])
     110        assert numpy.allclose(V, [2, 4])
    110111
    111112        V = G.get_attributes('a0') #Get by name
    112         assert allclose(V, [0, 0])
     113        assert numpy.allclose(V, [0, 0])
    113114
    114115        V = G.get_attributes('a1') #Get by name
    115         assert allclose(V, [2, 4])
     116        assert numpy.allclose(V, [2, 4])
    116117
    117118        V = G.get_attributes('a2') #Get by name
    118         assert allclose(V, [79.4, -7])
     119        assert numpy.allclose(V, [79.4, -7])
    119120
    120121        try:
     
    136137        results = spatial.get_data_points(absolute=False)
    137138       
    138         assert allclose(results, points_rel)
     139        assert numpy.allclose(results, points_rel)
    139140       
    140141        x_p = -1770
     
    145146                  ( geo_reference=geo_ref)
    146147       
    147         assert allclose(results, points_rel)
     148        assert numpy.allclose(results, points_rel)
    148149
    149150 
     
    164165        #print "test_get_data_points_lat_long - results", results
    165166        #print "points_Lat_long",points_Lat_long
    166         assert allclose(results, points_Lat_long)
     167        assert numpy.allclose(results, points_Lat_long)
    167168     
    168169    def test_get_data_points_lat_longII(self):
     
    178179        #print "seg_lat_long", seg_lat_long [0][0]
    179180        #print "lat_result",lat_result
    180         assert allclose(seg_lat_long[0][0], lat_result)#lat
    181         assert allclose(seg_lat_long[0][1], long_result)#long
     181        assert numpy.allclose(seg_lat_long[0][0], lat_result)#lat
     182        assert numpy.allclose(seg_lat_long[0][1], long_result)#long
    182183
    183184
     
    199200        #print "seg_lat_long", seg_lat_long [0]
    200201        #print "lat_result",lat_result
    201         assert allclose(seg_lat_long[0][0], lat_result)#lat
    202         assert allclose(seg_lat_long[0][1], long_result)#long
     202        assert numpy.allclose(seg_lat_long[0][0], lat_result)#lat
     203        assert numpy.allclose(seg_lat_long[0][1], long_result)#long
    203204
    204205
     
    219220        # Create without geo_ref properly set
    220221        G = Geospatial_data(points_rel)       
    221         assert not allclose(points_ab, G.get_data_points(absolute=True))
     222        assert not numpy.allclose(points_ab, G.get_data_points(absolute=True))
    222223       
    223224        # Create the way it should be
    224225        G = Geospatial_data(points_rel, geo_reference=geo_ref)
    225         assert allclose(points_ab, G.get_data_points(absolute=True))
     226        assert numpy.allclose(points_ab, G.get_data_points(absolute=True))
    226227       
    227228        # Change georeference and check that absolute values are unchanged.
     
    230231        new_geo_ref = Geo_reference(56, x_p, y_p)
    231232        G.set_geo_reference(new_geo_ref)
    232         assert allclose(points_ab, G.get_data_points(absolute=True))
     233        assert numpy.allclose(points_ab, G.get_data_points(absolute=True))
    233234       
    234235
     
    253254        assert points_dict.has_key('geo_reference')
    254255
    255         assert allclose( points_dict['pointlist'], points )
     256        assert numpy.allclose( points_dict['pointlist'], points )
    256257
    257258        A = points_dict['attributelist']
     
    260261        assert A.has_key('a2')       
    261262
    262         assert allclose( A['a0'], [0, 0] )
    263         assert allclose( A['a1'], [2, 4] )       
    264         assert allclose( A['a2'], [79.4, -7] )
     263        assert numpy.allclose( A['a0'], [0, 0] )
     264        assert numpy.allclose( A['a1'], [2, 4] )       
     265        assert numpy.allclose( A['a2'], [79.4, -7] )
    265266
    266267
     
    287288
    288289        P = G.get_data_points(absolute=False)
    289         assert allclose(P, [[1.0, 2.1], [3.0, 5.3]])       
     290        assert numpy.allclose(P, [[1.0, 2.1], [3.0, 5.3]])       
    290291       
    291292        #V = G.get_attribute_values() #Get default attribute
     
    293294
    294295        V = G.get_attributes('a0') #Get by name
    295         assert allclose(V, [0, 0])
     296        assert numpy.allclose(V, [0, 0])
    296297
    297298        V = G.get_attributes('a1') #Get by name
    298         assert allclose(V, [2, 4])
     299        assert numpy.allclose(V, [2, 4])
    299300
    300301        V = G.get_attributes('a2') #Get by name
    301         assert allclose(V, [79.4, -7])
     302        assert numpy.allclose(V, [79.4, -7])
    302303
    303304    def test_add(self):
     
    318319        assert G.attributes.has_key('depth')
    319320        assert G.attributes.has_key('elevation')
    320         assert allclose(G.attributes['depth'], [2, 4, 2, 4])
    321         assert allclose(G.attributes['elevation'], [6.1, 5, 2.5, 1])
    322         assert allclose(G.get_data_points(), [[1.0, 2.1], [3.0, 5.3],
     321        assert numpy.allclose(G.attributes['depth'], [2, 4, 2, 4])
     322        assert numpy.allclose(G.attributes['elevation'], [6.1, 5, 2.5, 1])
     323        assert numpy.allclose(G.get_data_points(), [[1.0, 2.1], [3.0, 5.3],
    323324                                              [1.0, 2.1], [3.0, 5.3]])
    324325       
     
    342343        assert G.attributes.has_key('depth')
    343344        assert G.attributes.keys(), ['depth']
    344         assert allclose(G.attributes['depth'], [2, 4, 200, 400])
    345         assert allclose(G.get_data_points(), [[1.0, 2.1], [3.0, 5.3],
     345        assert numpy.allclose(G.attributes['depth'], [2, 4, 200, 400])
     346        assert numpy.allclose(G.get_data_points(), [[1.0, 2.1], [3.0, 5.3],
    346347                                              [5.0, 2.1], [3.0, 50.3]])
    347348    def test_add_with_geo (self):
     
    366367        #Check that absolute values are as expected
    367368        P1 = G1.get_data_points(absolute=True)
    368         assert allclose(P1, [[2.0, 4.1], [4.0, 7.3]])
     369        assert numpy.allclose(P1, [[2.0, 4.1], [4.0, 7.3]])
    369370
    370371        P2 = G2.get_data_points(absolute=True)
    371         assert allclose(P2, [[5.1, 9.1], [6.1, 6.3]])       
     372        assert numpy.allclose(P2, [[5.1, 9.1], [6.1, 6.3]])       
    372373       
    373374        G = G1 + G2
    374375
    375376        # Check absoluteness
    376         assert allclose(G.get_geo_reference().get_xllcorner(), 0.0)
    377         assert allclose(G.get_geo_reference().get_yllcorner(), 0.0)
     377        assert numpy.allclose(G.get_geo_reference().get_xllcorner(), 0.0)
     378        assert numpy.allclose(G.get_geo_reference().get_yllcorner(), 0.0)
    378379
    379380        P = G.get_data_points(absolute=True)
     
    383384        #assert allclose(P_relative, P - [0.1, 2.0])
    384385
    385         assert allclose(P, concatenate( (P1,P2) ))
    386         assert allclose(P, [[2.0, 4.1], [4.0, 7.3],
     386        assert numpy.allclose(P, numpy.concatenate( (P1,P2) ))
     387        assert numpy.allclose(P, [[2.0, 4.1], [4.0, 7.3],
    387388                            [5.1, 9.1], [6.1, 6.3]])
    388389       
     
    395396        Difference in Geo_reference resolved
    396397        """
    397         points1 = array([[2.0, 4.1], [4.0, 7.3]])
    398         points2 = array([[5.1, 9.1], [6.1, 6.3]])       
     398        points1 = numpy.array([[2.0, 4.1], [4.0, 7.3]])
     399        points2 = numpy.array([[5.1, 9.1], [6.1, 6.3]])       
    399400        attributes1 = [2, 4]
    400401        attributes2 = [5, 76]
     
    412413        #Check that absolute values are as expected
    413414        P1 = G1.get_data_points(absolute=True)
    414         assert allclose(P1, points1)
     415        assert numpy.allclose(P1, points1)
    415416
    416417        P1 = G1.get_data_points(absolute=False)
    417         assert allclose(P1, points1 - [geo_ref1.get_xllcorner(), geo_ref1.get_yllcorner()])       
     418        assert numpy.allclose(P1, points1 - [geo_ref1.get_xllcorner(), geo_ref1.get_yllcorner()])       
    418419
    419420        P2 = G2.get_data_points(absolute=True)
    420         assert allclose(P2, points2)
     421        assert numpy.allclose(P2, points2)
    421422
    422423        P2 = G2.get_data_points(absolute=False)
    423         assert allclose(P2, points2 - [geo_ref2.get_xllcorner(), geo_ref2.get_yllcorner()])               
     424        assert numpy.allclose(P2, points2 - [geo_ref2.get_xllcorner(), geo_ref2.get_yllcorner()])               
    424425       
    425426        G = G1 + G2
     
    434435        #assert allclose(P_relative, [[1.0, 2.1], [3.0, 5.3], [4.1, 7.1], [5.1, 4.3]])
    435436
    436         assert allclose(P, concatenate( (points1,points2) ))
     437        assert numpy.allclose(P, numpy.concatenate( (points1,points2) ))
    437438
    438439
     
    441442        """
    442443       
    443         points1 = array([[2.0, 4.1], [4.0, 7.3]])
    444         points2 = array([[5.1, 9.1], [6.1, 6.3]])       
     444        points1 = numpy.array([[2.0, 4.1], [4.0, 7.3]])
     445        points2 = numpy.array([[5.1, 9.1], [6.1, 6.3]])       
    445446
    446447        geo_ref1= Geo_reference(55, 1.0, 2.0)
     
    458459
    459460        G1 = Geospatial_data(points1, attributes1, geo_ref1)
    460         assert allclose(G1.get_geo_reference().get_xllcorner(), 1.0)
    461         assert allclose(G1.get_geo_reference().get_yllcorner(), 2.0)
     461        assert numpy.allclose(G1.get_geo_reference().get_xllcorner(), 1.0)
     462        assert numpy.allclose(G1.get_geo_reference().get_yllcorner(), 2.0)
    462463        assert G1.attributes.has_key('depth')
    463464        assert G1.attributes.has_key('elevation')
    464         assert allclose(G1.attributes['depth'], [2, 4.7])
    465         assert allclose(G1.attributes['elevation'], [6.1, 5])       
     465        assert numpy.allclose(G1.attributes['depth'], [2, 4.7])
     466        assert numpy.allclose(G1.attributes['elevation'], [6.1, 5])       
    466467       
    467468        G2 = Geospatial_data(points2, attributes2, geo_ref2)
    468         assert allclose(G2.get_geo_reference().get_xllcorner(), 0.1)
    469         assert allclose(G2.get_geo_reference().get_yllcorner(), 3.0)
     469        assert numpy.allclose(G2.get_geo_reference().get_xllcorner(), 0.1)
     470        assert numpy.allclose(G2.get_geo_reference().get_yllcorner(), 3.0)
    470471        assert G2.attributes.has_key('depth')
    471472        assert G2.attributes.has_key('elevation')
    472         assert allclose(G2.attributes['depth'], [-2.3, 4])
    473         assert allclose(G2.attributes['elevation'], [2.5, 1])       
     473        assert numpy.allclose(G2.attributes['depth'], [-2.3, 4])
     474        assert numpy.allclose(G2.attributes['elevation'], [2.5, 1])       
    474475
    475476        #Check that absolute values are as expected
    476477        P1 = G1.get_data_points(absolute=True)
    477         assert allclose(P1, [[3.0, 6.1], [5.0, 9.3]])
     478        assert numpy.allclose(P1, [[3.0, 6.1], [5.0, 9.3]])
    478479
    479480        P2 = G2.get_data_points(absolute=True)
    480         assert allclose(P2, [[5.2, 12.1], [6.2, 9.3]])       
     481        assert numpy.allclose(P2, [[5.2, 12.1], [6.2, 9.3]])       
    481482
    482483        # Normal add
     
    485486        assert G.attributes.has_key('depth')
    486487        assert G.attributes.has_key('elevation')
    487         assert allclose(G.attributes['depth'], [2, 4.7])
    488         assert allclose(G.attributes['elevation'], [6.1, 5])       
     488        assert numpy.allclose(G.attributes['depth'], [2, 4.7])
     489        assert numpy.allclose(G.attributes['elevation'], [6.1, 5])       
    489490
    490491        # Points are now absolute.
    491         assert allclose(G.get_geo_reference().get_xllcorner(), 0.0)
    492         assert allclose(G.get_geo_reference().get_yllcorner(), 0.0)
     492        assert numpy.allclose(G.get_geo_reference().get_xllcorner(), 0.0)
     493        assert numpy.allclose(G.get_geo_reference().get_yllcorner(), 0.0)
    493494        P = G.get_data_points(absolute=True)       
    494         assert allclose(P, [[3.0, 6.1], [5.0, 9.3]])
     495        assert numpy.allclose(P, [[3.0, 6.1], [5.0, 9.3]])
    495496
    496497
     
    498499        assert G.attributes.has_key('depth')
    499500        assert G.attributes.has_key('elevation')
    500         assert allclose(G.attributes['depth'], [-2.3, 4])
    501         assert allclose(G.attributes['elevation'], [2.5, 1])       
    502 
    503         assert allclose(G.get_geo_reference().get_xllcorner(), 0.0)
    504         assert allclose(G.get_geo_reference().get_yllcorner(), 0.0)
     501        assert numpy.allclose(G.attributes['depth'], [-2.3, 4])
     502        assert numpy.allclose(G.attributes['elevation'], [2.5, 1])       
     503
     504        assert numpy.allclose(G.get_geo_reference().get_xllcorner(), 0.0)
     505        assert numpy.allclose(G.get_geo_reference().get_yllcorner(), 0.0)
    505506        P = G.get_data_points(absolute=True)       
    506         assert allclose(P, [[5.2, 12.1], [6.2, 9.3]])
     507        assert numpy.allclose(P, [[5.2, 12.1], [6.2, 9.3]])
    507508       
    508509
     
    513514        assert G.attributes.has_key('depth')
    514515        assert G.attributes.has_key('elevation')
    515         assert allclose(G.attributes['depth'], [2, 4.7])
    516         assert allclose(G.attributes['elevation'], [6.1, 5])       
     516        assert numpy.allclose(G.attributes['depth'], [2, 4.7])
     517        assert numpy.allclose(G.attributes['elevation'], [6.1, 5])       
    517518
    518519        # Points are now absolute.
    519         assert allclose(G.get_geo_reference().get_xllcorner(), 0.0)
    520         assert allclose(G.get_geo_reference().get_yllcorner(), 0.0)
     520        assert numpy.allclose(G.get_geo_reference().get_xllcorner(), 0.0)
     521        assert numpy.allclose(G.get_geo_reference().get_yllcorner(), 0.0)
    521522        P = G.get_data_points(absolute=True)       
    522         assert allclose(P, [[3.0, 6.1], [5.0, 9.3]])       
     523        assert numpy.allclose(P, [[3.0, 6.1], [5.0, 9.3]])       
    523524
    524525
     
    526527        assert G.attributes.has_key('depth')
    527528        assert G.attributes.has_key('elevation')
    528         assert allclose(G.attributes['depth'], [-2.3, 4])
    529         assert allclose(G.attributes['elevation'], [2.5, 1])       
    530 
    531         assert allclose(G.get_geo_reference().get_xllcorner(), 0.0)
    532         assert allclose(G.get_geo_reference().get_yllcorner(), 0.0)
     529        assert numpy.allclose(G.attributes['depth'], [-2.3, 4])
     530        assert numpy.allclose(G.attributes['elevation'], [2.5, 1])       
     531
     532        assert numpy.allclose(G.get_geo_reference().get_xllcorner(), 0.0)
     533        assert numpy.allclose(G.get_geo_reference().get_yllcorner(), 0.0)
    533534        P = G.get_data_points(absolute=True)       
    534         assert allclose(P, [[5.2, 12.1], [6.2, 9.3]])
     535        assert numpy.allclose(P, [[5.2, 12.1], [6.2, 9.3]])
    535536
    536537       
     
    553554        # First try the unit square   
    554555        U = [[0,0], [1,0], [1,1], [0,1]]
    555         assert allclose(G.clip(U).get_data_points(), [[0.2, 0.5], [0.4, 0.3], [0, 0]])
     556        assert numpy.allclose(G.clip(U).get_data_points(), [[0.2, 0.5], [0.4, 0.3], [0, 0]])
    556557
    557558        # Then a more complex polygon
     
    560561        G = Geospatial_data(points)
    561562
    562         assert allclose(G.clip(polygon).get_data_points(),
     563        assert numpy.allclose(G.clip(polygon).get_data_points(),
    563564                        [[0.5, 0.5], [1, -0.5], [1.5, 0]])
    564565
     
    576577        attributes = [2, -4, 5, 76, -2, 0.1, 3]
    577578        att_dict = {'att1': attributes,
    578                     'att2': array(attributes)+1}
     579                    'att2': numpy.array(attributes)+1}
    579580       
    580581        G = Geospatial_data(points, att_dict)
     
    582583        # First try the unit square   
    583584        U = [[0,0], [1,0], [1,1], [0,1]]
    584         assert allclose(G.clip(U).get_data_points(), [[0.2, 0.5], [0.4, 0.3], [0, 0]])
    585         assert allclose(G.clip(U).get_attributes('att1'), [-4, 76, 0.1])
    586         assert allclose(G.clip(U).get_attributes('att2'), [-3, 77, 1.1])               
     585        assert numpy.allclose(G.clip(U).get_data_points(), [[0.2, 0.5], [0.4, 0.3], [0, 0]])
     586        assert numpy.allclose(G.clip(U).get_attributes('att1'), [-4, 76, 0.1])
     587        assert numpy.allclose(G.clip(U).get_attributes('att2'), [-3, 77, 1.1])               
    587588
    588589        # Then a more complex polygon
     
    594595        G = Geospatial_data(points, attributes)
    595596
    596         assert allclose(G.clip(polygon).get_data_points(),
     597        assert numpy.allclose(G.clip(polygon).get_data_points(),
    597598                        [[0.5, 0.5], [1, -0.5], [1.5, 0]])
    598         assert allclose(G.clip(polygon).get_attributes(), [-4, 5, 76])
     599        assert numpy.allclose(G.clip(polygon).get_attributes(), [-4, 5, 76])
    599600       
    600601
     
    612613        attributes = [2, -4, 5, 76, -2, 0.1, 3]
    613614        att_dict = {'att1': attributes,
    614                     'att2': array(attributes)+1}
     615                    'att2': numpy.array(attributes)+1}
    615616        G = Geospatial_data(points, att_dict)
    616617       
    617618        # First try the unit square   
    618619        U = Geospatial_data([[0,0], [1,0], [1,1], [0,1]])
    619         assert allclose(G.clip(U).get_data_points(),
     620        assert numpy.allclose(G.clip(U).get_data_points(),
    620621                        [[0.2, 0.5], [0.4, 0.3], [0, 0]])
    621622
    622         assert allclose(G.clip(U).get_attributes('att1'), [-4, 76, 0.1])
    623         assert allclose(G.clip(U).get_attributes('att2'), [-3, 77, 1.1])                       
     623        assert numpy.allclose(G.clip(U).get_attributes('att1'), [-4, 76, 0.1])
     624        assert numpy.allclose(G.clip(U).get_attributes('att2'), [-3, 77, 1.1])                       
    624625       
    625626        # Then a more complex polygon
     
    630631       
    631632
    632         assert allclose(G.clip(polygon).get_data_points(),
     633        assert numpy.allclose(G.clip(polygon).get_data_points(),
    633634                        [[0.5, 0.5], [1, -0.5], [1.5, 0]])
    634         assert allclose(G.clip(polygon).get_attributes(), [-4, 5, 76])
     635        assert numpy.allclose(G.clip(polygon).get_attributes(), [-4, 5, 76])
    635636       
    636637
     
    650651        # First try the unit square   
    651652        U = [[0,0], [1,0], [1,1], [0,1]]
    652         assert allclose(G.clip_outside(U).get_data_points(),
     653        assert numpy.allclose(G.clip_outside(U).get_data_points(),
    653654                        [[-1, 4], [1.0, 2.1], [3.0, 5.3], [2.4, 3.3]])
    654655        #print G.clip_outside(U).get_attributes()
    655         assert allclose(G.clip_outside(U).get_attributes(), [2, 5, -2, 3])       
     656        assert numpy.allclose(G.clip_outside(U).get_attributes(), [2, 5, -2, 3])       
    656657       
    657658
     
    662663        G = Geospatial_data(points, attributes)
    663664
    664         assert allclose(G.clip_outside(polygon).get_data_points(),
     665        assert numpy.allclose(G.clip_outside(polygon).get_data_points(),
    665666                        [[0.5, 1.4], [0.5, 1.5], [0.5, -0.5]])
    666         assert allclose(G.clip_outside(polygon).get_attributes(), [2, -2, 0.1])               
     667        assert numpy.allclose(G.clip_outside(polygon).get_attributes(), [2, -2, 0.1])               
    667668
    668669
     
    683684        # First try the unit square   
    684685        U = Geospatial_data([[0,0], [1,0], [1,1], [0,1]])
    685         assert allclose(G.clip_outside(U).get_data_points(),
     686        assert numpy.allclose(G.clip_outside(U).get_data_points(),
    686687                        [[-1, 4], [1.0, 2.1], [3.0, 5.3], [2.4, 3.3]])
    687         assert allclose(G.clip(U).get_attributes(), [-4, 76, 0.1])       
     688        assert numpy.allclose(G.clip(U).get_attributes(), [-4, 76, 0.1])       
    688689
    689690        # Then a more complex polygon
     
    695696       
    696697
    697         assert allclose(G.clip_outside(polygon).get_data_points(),
     698        assert numpy.allclose(G.clip_outside(polygon).get_data_points(),
    698699                        [[0.5, 1.4], [0.5, 1.5], [0.5, -0.5]])
    699         assert allclose(G.clip_outside(polygon).get_attributes(), [2, -2, 0.1])
     700        assert numpy.allclose(G.clip_outside(polygon).get_attributes(), [2, -2, 0.1])
    700701       
    701702
     
    718719        U = Geospatial_data([[0,0], [1,0], [1,1], [0,1]])
    719720        G1 = G.clip(U)
    720         assert allclose(G1.get_data_points(),[[0.2, 0.5], [0.4, 0.3], [0, 0]])
    721         assert allclose(G.clip(U).get_attributes(), [-4, 76, 0.1])
     721        assert numpy.allclose(G1.get_data_points(),[[0.2, 0.5], [0.4, 0.3], [0, 0]])
     722        assert numpy.allclose(G.clip(U).get_attributes(), [-4, 76, 0.1])
    722723       
    723724        G2 = G.clip_outside(U)
    724         assert allclose(G2.get_data_points(),[[-1, 4], [1.0, 2.1],
     725        assert numpy.allclose(G2.get_data_points(),[[-1, 4], [1.0, 2.1],
    725726                                              [3.0, 5.3], [2.4, 3.3]])
    726         assert allclose(G.clip_outside(U).get_attributes(), [2, 5, -2, 3])               
     727        assert numpy.allclose(G.clip_outside(U).get_attributes(), [2, 5, -2, 3])               
    727728
    728729       
     
    733734        new_attributes = [-4, 76, 0.1, 2, 5, -2, 3]                 
    734735       
    735         assert allclose((G1+G2).get_data_points(), new_points)
    736         assert allclose((G1+G2).get_attributes(), new_attributes)
     736        assert numpy.allclose((G1+G2).get_data_points(), new_points)
     737        assert numpy.allclose((G1+G2).get_attributes(), new_attributes)
    737738
    738739        G = G1+G2
     
    746747
    747748        # Check result
    748         assert allclose(G3.get_data_points(), new_points)       
    749         assert allclose(G3.get_attributes(), new_attributes)       
     749        assert numpy.allclose(G3.get_data_points(), new_points)       
     750        assert numpy.allclose(G3.get_attributes(), new_attributes)       
    750751       
    751752        os.remove(FN)
     
    768769        os.remove(fileName)
    769770#        print 'data', results.get_data_points()
    770         assert allclose(results.get_data_points(), [[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],
     771        assert numpy.allclose(results.get_data_points(), [[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],
    771772                                                    [1.0, 0.0]])
    772         assert allclose(results.get_attributes(attribute_name='elevation'),
     773        assert numpy.allclose(results.get_attributes(attribute_name='elevation'),
    773774                        [10.0, 0.0, 10.4])
    774         assert allclose(results.get_attributes(attribute_name='speed'),
     775        assert numpy.allclose(results.get_attributes(attribute_name='speed'),
    775776                        [0.0, 10.0, 40.0])
    776777
     
    819820
    820821
    821         assert allclose(results.get_data_points(), [[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
    822         assert allclose(results.get_attributes(attribute_name='elevation'), [10.0, 0.0, 10.4])
    823         assert allclose(results.get_attributes(attribute_name='speed'), [0.0, 10.0, 40.0])
     822        assert numpy.allclose(results.get_data_points(), [[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
     823        assert numpy.allclose(results.get_attributes(attribute_name='elevation'), [10.0, 0.0, 10.4])
     824        assert numpy.allclose(results.get_attributes(attribute_name='speed'), [0.0, 10.0, 40.0])
    824825
    825826        # Blocking
     
    828829            geo_list.append(i)
    829830           
    830         assert allclose(geo_list[0].get_data_points(),
     831        assert numpy.allclose(geo_list[0].get_data_points(),
    831832                        [[1.0, 0.0],[0.0, 1.0]])
    832833
    833         assert allclose(geo_list[0].get_attributes(attribute_name='elevation'),
     834        assert numpy.allclose(geo_list[0].get_attributes(attribute_name='elevation'),
    834835                        [10.0, 0.0])
    835         assert allclose(geo_list[1].get_data_points(),
     836        assert numpy.allclose(geo_list[1].get_data_points(),
    836837                        [[1.0, 0.0]])       
    837         assert allclose(geo_list[1].get_attributes(attribute_name='elevation'),
     838        assert numpy.allclose(geo_list[1].get_attributes(attribute_name='elevation'),
    838839                        [10.4])
    839840           
     
    979980        results = Geospatial_data(pts_file, max_read_lines=2)
    980981
    981         assert allclose(results.get_data_points(), [[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],
     982        assert numpy.allclose(results.get_data_points(), [[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],
    982983                                                    [1.0, 0.0]])
    983         assert allclose(results.get_attributes(attribute_name='elevation'),
     984        assert numpy.allclose(results.get_attributes(attribute_name='elevation'),
    984985                        [10.0, 0.0, 10.4])
    985         assert allclose(results.get_attributes(attribute_name='speed'),
     986        assert numpy.allclose(results.get_attributes(attribute_name='speed'),
    986987                        [0.0, 10.0, 40.0])
    987988
     
    990991        for i in results:
    991992            geo_list.append(i)
    992         assert allclose(geo_list[0].get_data_points(),
     993        assert numpy.allclose(geo_list[0].get_data_points(),
    993994                        [[1.0, 0.0],[0.0, 1.0]])
    994         assert allclose(geo_list[0].get_attributes(attribute_name='elevation'),
     995        assert numpy.allclose(geo_list[0].get_attributes(attribute_name='elevation'),
    995996                        [10.0, 0.0])
    996         assert allclose(geo_list[1].get_data_points(),
     997        assert numpy.allclose(geo_list[1].get_data_points(),
    997998                        [[1.0, 0.0]])       
    998         assert allclose(geo_list[1].get_attributes(attribute_name='elevation'),
     999        assert numpy.allclose(geo_list[1].get_attributes(attribute_name='elevation'),
    9991000                        [10.4])
    10001001           
     
    10681069        for i in results:
    10691070            geo_list.append(i)
    1070         assert allclose(geo_list[0].get_data_points(),
     1071        assert numpy.allclose(geo_list[0].get_data_points(),
    10711072                        [[1.0, 0.0],[0.0, 1.0]])
    1072         assert allclose(geo_list[0].get_attributes(attribute_name='elevation'),
     1073        assert numpy.allclose(geo_list[0].get_attributes(attribute_name='elevation'),
    10731074                        [10.0, 0.0])
    1074         assert allclose(geo_list[1].get_data_points(),
     1075        assert numpy.allclose(geo_list[1].get_data_points(),
    10751076                        [[1.0, 0.0],[0.0, 1.0] ])       
    1076         assert allclose(geo_list[1].get_attributes(attribute_name='elevation'),
     1077        assert numpy.allclose(geo_list[1].get_attributes(attribute_name='elevation'),
    10771078                        [10.0, 0.0])
    10781079           
     
    10841085    def test_new_export_pts_file(self):
    10851086        att_dict = {}
    1086         pointlist = array([[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
    1087         att_dict['elevation'] = array([10.1, 0.0, 10.4])
    1088         att_dict['brightness'] = array([10.0, 1.0, 10.4])
     1087        pointlist = numpy.array([[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
     1088        att_dict['elevation'] = numpy.array([10.1, 0.0, 10.4])
     1089        att_dict['brightness'] = numpy.array([10.0, 1.0, 10.4])
    10891090       
    10901091        fileName = tempfile.mktemp(".pts")
     
    10981099        os.remove(fileName)
    10991100       
    1100         assert allclose(results.get_data_points(),[[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
    1101         assert allclose(results.get_attributes(attribute_name='elevation'), [10.1, 0.0, 10.4])
     1101        assert numpy.allclose(results.get_data_points(),[[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
     1102        assert numpy.allclose(results.get_attributes(attribute_name='elevation'), [10.1, 0.0, 10.4])
    11021103        answer = [10.0, 1.0, 10.4]
    1103         assert allclose(results.get_attributes(attribute_name='brightness'), answer)
     1104        assert numpy.allclose(results.get_attributes(attribute_name='brightness'), answer)
    11041105
    11051106    def test_new_export_absolute_pts_file(self):
    11061107        att_dict = {}
    1107         pointlist = array([[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
    1108         att_dict['elevation'] = array([10.1, 0.0, 10.4])
    1109         att_dict['brightness'] = array([10.0, 1.0, 10.4])
     1108        pointlist = numpy.array([[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
     1109        att_dict['elevation'] = numpy.array([10.1, 0.0, 10.4])
     1110        att_dict['brightness'] = numpy.array([10.0, 1.0, 10.4])
    11101111        geo_ref = Geo_reference(50, 25, 55)
    11111112       
     
    11201121        os.remove(fileName)
    11211122       
    1122         assert allclose(results.get_data_points(), G.get_data_points(True))
    1123         assert allclose(results.get_attributes(attribute_name='elevation'), [10.1, 0.0, 10.4])
     1123        assert numpy.allclose(results.get_data_points(), G.get_data_points(True))
     1124        assert numpy.allclose(results.get_attributes(attribute_name='elevation'), [10.1, 0.0, 10.4])
    11241125        answer = [10.0, 1.0, 10.4]
    1125         assert allclose(results.get_attributes(attribute_name='brightness'), answer)
     1126        assert numpy.allclose(results.get_attributes(attribute_name='brightness'), answer)
    11261127
    11271128    def test_loadpts(self):
     
    11581159        os.remove(fileName)
    11591160        answer =  [[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]]
    1160         assert allclose(results.get_data_points(), [[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
    1161         assert allclose(results.get_attributes(attribute_name='elevation'), [10.0, 0.0, 10.4])
     1161        assert numpy.allclose(results.get_data_points(), [[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
     1162        assert numpy.allclose(results.get_attributes(attribute_name='elevation'), [10.0, 0.0, 10.4])
    11621163       
    11631164    def test_writepts(self):
     
    11651166       
    11661167        att_dict = {}
    1167         pointlist = array([[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
    1168         att_dict['elevation'] = array([10.0, 0.0, 10.4])
    1169         att_dict['brightness'] = array([10.0, 0.0, 10.4])
     1168        pointlist = numpy.array([[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
     1169        att_dict['elevation'] = numpy.array([10.0, 0.0, 10.4])
     1170        att_dict['brightness'] = numpy.array([10.0, 0.0, 10.4])
    11701171        geo_reference=Geo_reference(56,1.9,1.9)
    11711172
     
    11771178        os.remove(fileName)
    11781179
    1179         assert allclose(results.get_data_points(False),[[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
    1180         assert allclose(results.get_attributes('elevation'), [10.0, 0.0, 10.4])
     1180        assert numpy.allclose(results.get_data_points(False),[[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
     1181        assert numpy.allclose(results.get_attributes('elevation'), [10.0, 0.0, 10.4])
    11811182        answer = [10.0, 0.0, 10.4]
    1182         assert allclose(results.get_attributes('brightness'), answer)
     1183        assert numpy.allclose(results.get_attributes('brightness'), answer)
    11831184        self.failUnless(geo_reference == geo_reference,
    11841185                         'test_writepts failed. Test geo_reference')
     
    11881189       
    11891190        att_dict = {}
    1190         pointlist = array([[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
    1191         att_dict['elevation'] = array([10.0, 0.0, 10.4])
    1192         att_dict['brightness'] = array([10.0, 0.0, 10.4])
     1191        pointlist = numpy.array([[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
     1192        att_dict['elevation'] = numpy.array([10.0, 0.0, 10.4])
     1193        att_dict['brightness'] = numpy.array([10.0, 0.0, 10.4])
    11931194        geo_reference=Geo_reference(56,0,0)
    11941195        # Test txt format
     
    11991200        results = Geospatial_data(file_name=fileName)
    12001201        os.remove(fileName)
    1201         assert allclose(results.get_data_points(False),[[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
    1202         assert allclose(results.get_attributes('elevation'), [10.0, 0.0, 10.4])
     1202        assert numpy.allclose(results.get_data_points(False),[[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
     1203        assert numpy.allclose(results.get_attributes('elevation'), [10.0, 0.0, 10.4])
    12031204        answer = [10.0, 0.0, 10.4]
    1204         assert allclose(results.get_attributes('brightness'), answer)
     1205        assert numpy.allclose(results.get_attributes('brightness'), answer)
    12051206       
    12061207 
     
    12091210       
    12101211        att_dict = {}
    1211         pointlist = array([[-21.5,114.5],[-21.6,114.5],[-21.7,114.5]])
    1212         att_dict['elevation'] = array([10.0, 0.0, 10.4])
    1213         att_dict['brightness'] = array([10.0, 0.0, 10.4])
     1212        pointlist = numpy.array([[-21.5,114.5],[-21.6,114.5],[-21.7,114.5]])
     1213        att_dict['elevation'] = numpy.array([10.0, 0.0, 10.4])
     1214        att_dict['brightness'] = numpy.array([10.0, 0.0, 10.4])
    12141215        # Test txt format
    12151216        fileName = tempfile.mktemp(".txt")
     
    12191220        results = Geospatial_data(file_name=fileName)
    12201221        os.remove(fileName)
    1221         assert allclose(results.get_data_points(False, as_lat_long=True),
     1222        assert numpy.allclose(results.get_data_points(False, as_lat_long=True),
    12221223                        pointlist)
    1223         assert allclose(results.get_attributes('elevation'), [10.0, 0.0, 10.4])
     1224        assert numpy.allclose(results.get_attributes('elevation'), [10.0, 0.0, 10.4])
    12241225        answer = [10.0, 0.0, 10.4]
    1225         assert allclose(results.get_attributes('brightness'), answer)
     1226        assert numpy.allclose(results.get_attributes('brightness'), answer)
    12261227       
    12271228    def test_writepts_no_attributes(self):
     
    12301231       
    12311232        att_dict = {}
    1232         pointlist = array([[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
     1233        pointlist = numpy.array([[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
    12331234        geo_reference=Geo_reference(56,1.9,1.9)
    12341235
     
    12401241        os.remove(fileName)
    12411242
    1242         assert allclose(results.get_data_points(False),[[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
     1243        assert numpy.allclose(results.get_data_points(False),[[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
    12431244        self.failUnless(geo_reference == geo_reference,
    12441245                         'test_writepts failed. Test geo_reference')
     
    12491250       
    12501251        att_dict = {}
    1251         pointlist = array([[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
     1252        pointlist = numpy.array([[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
    12521253        geo_reference=Geo_reference(56,0,0)
    12531254        # Test format
     
    12571258        results = Geospatial_data(file_name=fileName)
    12581259        os.remove(fileName)
    1259         assert allclose(results.get_data_points(False),[[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
     1260        assert numpy.allclose(results.get_data_points(False),[[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
    12601261
    12611262         
     
    13141315        G = Geospatial_data(file_name = FN)
    13151316
    1316         assert allclose(G.get_geo_reference().get_xllcorner(), 0.0)
    1317         assert allclose(G.get_geo_reference().get_yllcorner(), 0.0)
    1318 
    1319         assert allclose(G.get_data_points(), [[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
    1320         assert allclose(G.get_attributes(), [10.0, 0.0, 10.4])
     1317        assert numpy.allclose(G.get_geo_reference().get_xllcorner(), 0.0)
     1318        assert numpy.allclose(G.get_geo_reference().get_yllcorner(), 0.0)
     1319
     1320        assert numpy.allclose(G.get_data_points(), [[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
     1321        assert numpy.allclose(G.get_attributes(), [10.0, 0.0, 10.4])
    13211322        os.remove(FN)
    13221323
     
    13611362        G = Geospatial_data(file_name = FN)
    13621363
    1363         assert allclose(G.get_geo_reference().get_xllcorner(), xll)
    1364         assert allclose(G.get_geo_reference().get_yllcorner(), yll)
    1365 
    1366         assert allclose(G.get_data_points(), [[1.0+xll, 0.0+yll],
     1364        assert numpy.allclose(G.get_geo_reference().get_xllcorner(), xll)
     1365        assert numpy.allclose(G.get_geo_reference().get_yllcorner(), yll)
     1366
     1367        assert numpy.allclose(G.get_data_points(), [[1.0+xll, 0.0+yll],
    13671368                                              [0.0+xll, 1.0+yll],
    13681369                                              [1.0+xll, 0.0+yll]])
    13691370       
    1370         assert allclose(G.get_attributes(), [10.0, 0.0, 10.4])
     1371        assert numpy.allclose(G.get_attributes(), [10.0, 0.0, 10.4])
    13711372        os.remove(FN)
    13721373
     
    13791380        # create files
    13801381        att_dict1 = {}
    1381         pointlist1 = array([[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
    1382         att_dict1['elevation'] = array([-10.0, 0.0, 10.4])
    1383         att_dict1['brightness'] = array([10.0, 0.0, 10.4])
     1382        pointlist1 = numpy.array([[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
     1383        att_dict1['elevation'] = numpy.array([-10.0, 0.0, 10.4])
     1384        att_dict1['brightness'] = numpy.array([10.0, 0.0, 10.4])
    13841385        geo_reference1 = Geo_reference(56, 2.0, 1.0)
    13851386       
    13861387        att_dict2 = {}
    1387         pointlist2 = array([[2.0, 1.0],[1.0, 2.0],[2.0, 1.0]])
    1388         att_dict2['elevation'] = array([1.0, 15.0, 1.4])
    1389         att_dict2['brightness'] = array([14.0, 1.0, -12.4])
     1388        pointlist2 = numpy.array([[2.0, 1.0],[1.0, 2.0],[2.0, 1.0]])
     1389        att_dict2['elevation'] = numpy.array([1.0, 15.0, 1.4])
     1390        att_dict2['brightness'] = numpy.array([14.0, 1.0, -12.4])
    13901391        geo_reference2 = Geo_reference(56, 1.0, 2.0)
    13911392
     
    14111412#        print'res', G.get_data_points()
    14121413#        print'res1', G.get_data_points(False)
    1413         assert allclose(G.get_data_points(),
     1414        assert numpy.allclose(G.get_data_points(),
    14141415                        [[ 3.0, 1.0], [ 2.0, 2.0],
    14151416                         [ 3.0, 1.0], [ 3.0, 3.0],
    14161417                         [ 2.0, 4.0], [ 3.0, 3.0]])
    14171418                         
    1418         assert allclose(G.get_attributes(attribute_name='elevation'),
     1419        assert numpy.allclose(G.get_attributes(attribute_name='elevation'),
    14191420                        [-10.0, 0.0, 10.4, 1.0, 15.0, 1.4])
    14201421       
    14211422        answer = [10.0, 0.0, 10.4, 14.0, 1.0, -12.4]
    1422         assert allclose(G.get_attributes(attribute_name='brightness'), answer)
     1423        assert numpy.allclose(G.get_attributes(attribute_name='brightness'), answer)
    14231424       
    14241425        self.failUnless(G.get_geo_reference() == geo_reference1,
     
    14341435        new_points = ensure_absolute(points)
    14351436       
    1436         assert allclose(new_points, points)
    1437 
    1438         points = array([[2.0, 0.0],[1.0, 1.0],
     1437        assert numpy.allclose(new_points, points)
     1438
     1439        points = numpy.array([[2.0, 0.0],[1.0, 1.0],
    14391440                         [2.0, 0.0],[2.0, 2.0],
    14401441                         [1.0, 3.0],[2.0, 2.0]])
    14411442        new_points = ensure_absolute(points)
    14421443       
    1443         assert allclose(new_points, points)
    1444        
    1445         ab_points = array([[2.0, 0.0],[1.0, 1.0],
     1444        assert numpy.allclose(new_points, points)
     1445       
     1446        ab_points = numpy.array([[2.0, 0.0],[1.0, 1.0],
    14461447                         [2.0, 0.0],[2.0, 2.0],
    14471448                         [1.0, 3.0],[2.0, 2.0]])
     
    14491450        mesh_origin = (56, 290000, 618000) #zone, easting, northing
    14501451
    1451         data_points = zeros((ab_points.shape), Float)
     1452        data_points = numpy.zeros((ab_points.shape), Float)
    14521453        #Shift datapoints according to new origins
    14531454        for k in range(len(ab_points)):
     
    14601461        #print "ab_points",ab_points
    14611462           
    1462         assert allclose(new_points, ab_points)
     1463        assert numpy.allclose(new_points, ab_points)
    14631464
    14641465        geo = Geo_reference(56,67,-56)
     
    14701471        #print "ab_points",ab_points
    14711472           
    1472         assert allclose(new_points, ab_points)
     1473        assert numpy.allclose(new_points, ab_points)
    14731474
    14741475
     
    14851486        #print "ab_points",ab_points
    14861487           
    1487         assert allclose(new_points, ab_points)
     1488        assert numpy.allclose(new_points, ab_points)
    14881489
    14891490
     
    14951496        new_points = ensure_geospatial(points)
    14961497       
    1497         assert allclose(new_points.get_data_points(absolute = True), points)
    1498 
    1499         points = array([[2.0, 0.0],[1.0, 1.0],
     1498        assert numpy.allclose(new_points.get_data_points(absolute = True), points)
     1499
     1500        points = numpy.array([[2.0, 0.0],[1.0, 1.0],
    15001501                         [2.0, 0.0],[2.0, 2.0],
    15011502                         [1.0, 3.0],[2.0, 2.0]])
    15021503        new_points = ensure_geospatial(points)
    15031504       
    1504         assert allclose(new_points.get_data_points(absolute = True), points)
    1505        
    1506         ab_points = array([[2.0, 0.0],[1.0, 1.0],
     1505        assert numpy.allclose(new_points.get_data_points(absolute = True), points)
     1506       
     1507        ab_points = numpy.array([[2.0, 0.0],[1.0, 1.0],
    15071508                         [2.0, 0.0],[2.0, 2.0],
    15081509                         [1.0, 3.0],[2.0, 2.0]])
     
    15101511        mesh_origin = (56, 290000, 618000) #zone, easting, northing
    15111512
    1512         data_points = zeros((ab_points.shape), Float)
     1513        data_points = numpy.zeros((ab_points.shape), Float)
    15131514        #Shift datapoints according to new origins
    15141515        for k in range(len(ab_points)):
     
    15221523        #print "ab_points",ab_points
    15231524           
    1524         assert allclose(new_points, ab_points)
     1525        assert numpy.allclose(new_points, ab_points)
    15251526
    15261527        geo = Geo_reference(56,67,-56)
     
    15331534        #print "ab_points",ab_points
    15341535           
    1535         assert allclose(new_points, ab_points)
     1536        assert numpy.allclose(new_points, ab_points)
    15361537
    15371538
     
    15491550        #print "ab_points",ab_points
    15501551           
    1551         assert allclose(new_points, ab_points)
     1552        assert numpy.allclose(new_points, ab_points)
    15521553       
    15531554    def test_isinstance(self):
     
    15641565
    15651566        results = Geospatial_data(fileName)
    1566         assert allclose(results.get_data_points(absolute=True), \
     1567        assert numpy.allclose(results.get_data_points(absolute=True), \
    15671568                        [[1.0, 0.0],[0.0, 1.0],[1.0, 0.0]])
    1568         assert allclose(results.get_attributes(attribute_name='elevation'), \
     1569        assert numpy.allclose(results.get_attributes(attribute_name='elevation'), \
    15691570                        [10.0, 0.0, 10.4])
    1570         assert allclose(results.get_attributes(attribute_name='speed'), \
     1571        assert numpy.allclose(results.get_attributes(attribute_name='speed'), \
    15711572                        [0.0, 10.0, 40.0])
    15721573
     
    16011602        points = results.get_data_points()
    16021603       
    1603         assert allclose(points[0][0], 308728.009)
    1604         assert allclose(points[0][1], 6180432.601)
    1605         assert allclose(points[1][0],  222908.705)
    1606         assert allclose(points[1][1], 6233785.284)
     1604        assert numpy.allclose(points[0][0], 308728.009)
     1605        assert numpy.allclose(points[0][1], 6180432.601)
     1606        assert numpy.allclose(points[1][0],  222908.705)
     1607        assert numpy.allclose(points[1][1], 6233785.284)
    16071608       
    16081609     
     
    16221623        points = results.get_data_points()
    16231624       
    1624         assert allclose(points[0][0], 308728.009)
    1625         assert allclose(points[0][1], 6180432.601)
    1626         assert allclose(points[1][0],  222908.705)
    1627         assert allclose(points[1][1], 6233785.284)
     1625        assert numpy.allclose(points[0][0], 308728.009)
     1626        assert numpy.allclose(points[0][1], 6180432.601)
     1627        assert numpy.allclose(points[1][0],  222908.705)
     1628        assert numpy.allclose(points[1][1], 6233785.284)
    16281629
    16291630         
     
    16621663        points = gsd.get_data_points(absolute=True)
    16631664       
    1664         assert allclose(points[0][0], 308728.009)
    1665         assert allclose(points[0][1], 6180432.601)
    1666         assert allclose(points[1][0],  222908.705)
    1667         assert allclose(points[1][1], 6233785.284)
     1665        assert numpy.allclose(points[0][0], 308728.009)
     1666        assert numpy.allclose(points[0][1], 6180432.601)
     1667        assert numpy.allclose(points[1][0],  222908.705)
     1668        assert numpy.allclose(points[1][1], 6233785.284)
    16681669        self.failUnless(gsd.get_geo_reference().get_zone() == 56,
    16691670                        'Bad zone error!')
     
    17151716        points = gsd.get_data_points(absolute=True)
    17161717       
    1717         assert allclose(points[0][0], 308728.009)
    1718         assert allclose(points[0][1], 6180432.601)
    1719         assert allclose(points[1][0],  222908.705)
    1720         assert allclose(points[1][1], 6233785.284)
     1718        assert numpy.allclose(points[0][0], 308728.009)
     1719        assert numpy.allclose(points[0][1], 6180432.601)
     1720        assert numpy.allclose(points[1][0],  222908.705)
     1721        assert numpy.allclose(points[1][1], 6233785.284)
    17211722        self.failUnless(gsd.get_geo_reference().get_zone() == 56,
    17221723                        'Bad zone error!')
     
    17701771        # and it changes from windows to linux
    17711772        try:
    1772             assert allclose(points[1][0], 308728.009)
    1773             assert allclose(points[1][1], 6180432.601)
    1774             assert allclose(points[0][0],  222908.705)
    1775             assert allclose(points[0][1], 6233785.284)
     1773            assert numpy.allclose(points[1][0], 308728.009)
     1774            assert numpy.allclose(points[1][1], 6180432.601)
     1775            assert numpy.allclose(points[0][0],  222908.705)
     1776            assert numpy.allclose(points[0][1], 6233785.284)
    17761777        except AssertionError:
    1777             assert allclose(points[0][0], 308728.009)
    1778             assert allclose(points[0][1], 6180432.601)
    1779             assert allclose(points[1][0],  222908.705)
    1780             assert allclose(points[1][1], 6233785.284)
     1778            assert numpy.allclose(points[0][0], 308728.009)
     1779            assert numpy.allclose(points[0][1], 6180432.601)
     1780            assert numpy.allclose(points[1][0],  222908.705)
     1781            assert numpy.allclose(points[1][1], 6233785.284)
    17811782           
    17821783        self.failUnless(gsd.get_geo_reference().get_zone() == 56,
     
    17851786        #print "test_lat_long_set points", points
    17861787        try:
    1787             assert allclose(points[0][0], -34)
    1788             assert allclose(points[0][1], 150)
     1788            assert numpy.allclose(points[0][0], -34)
     1789            assert numpy.allclose(points[0][1], 150)
    17891790        except AssertionError:
    1790             assert allclose(points[1][0], -34)
    1791             assert allclose(points[1][1], 150)
     1791            assert numpy.allclose(points[1][0], -34)
     1792            assert numpy.allclose(points[1][1], 150)
    17921793
    17931794    def test_len(self):
     
    18281829            G1, G2  = G.split(factor,100)
    18291830           
    1830             assert allclose(len(G), len(G1)+len(G2))
    1831             assert allclose(round(len(G)*factor), len(G1))
     1831            assert numpy.allclose(len(G), len(G1)+len(G2))
     1832            assert numpy.allclose(round(len(G)*factor), len(G1))
    18321833   
    18331834            P = G1.get_data_points(absolute=False)
    1834             assert allclose(P, [[5.0,4.0],[4.0,3.0],[4.0,2.0],[3.0,1.0],[2.0,3.0]])
     1835            assert numpy.allclose(P, [[5.0,4.0],[4.0,3.0],[4.0,2.0],[3.0,1.0],[2.0,3.0]])
    18351836   
    18361837            A = G1.get_attributes()
    1837             assert allclose(A,[24, 18, 17, 11, 8])
     1838            assert numpy.allclose(A,[24, 18, 17, 11, 8])
    18381839       
    18391840    def test_split1(self):
     
    18421843        if get_host_name()[8:9]!='0':
    18431844
    1844             from RandomArray import randint,seed
    1845             seed(100,100)
    1846             a_points = randint(0,999999,(10,2))
     1845##            from numpy.oldnumeric.random_array import randint,seed
     1846            numpy.random.seed(100,100)
     1847            a_points = numpy.random.randint(0,999999,(10,2))
    18471848            points = a_points.tolist()
    18481849    #        print points
     
    18561857           
    18571858    #        print 'G1',G1
    1858             assert allclose(len(G), len(G1)+len(G2))
    1859             assert allclose(round(len(G)*factor), len(G1))
     1859            assert numpy.allclose(len(G), len(G1)+len(G2))
     1860            assert numpy.allclose(round(len(G)*factor), len(G1))
    18601861   
    18611862            P = G1.get_data_points(absolute=False)
    1862             assert allclose(P, [[982420.,28233.]])
     1863            assert numpy.allclose(P, [[982420.,28233.]])
    18631864
    18641865 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.